Höss blev født i Baden-Baden, Tyskland, den 25. november 1900. Hans forældre var Franz Xaver Höss og Lina Höss. Han var den ældste af tre børn og var den eneste søn. Höss' familie var meget katolsk.
I sin selvbiografi fortæller Höss, at han kortvarigt blev kidnappet af sigøjnerne, da han var barn.
Höss' far var en tidligere tysk officer, der havde tjent i Tysk Østafrika (en tysk koloni, der omfattede det nuværende Burundi, Rwanda og en del af Tanzania). Efter at have forladt hæren drev han en te- og kaffeforretning. Han opdragede sin søn ud fra en streng katolsk tro og med militær disciplin. Han havde besluttet, at Höss skulle blive katolsk præst. I Höss' tidlige barndom fik han konstant fortalt om synd, skyld og behovet for at gøre bod.
Höss begyndte at vende sig mod religion som ung teenager. Det skete, efter at han havde skriftet til en præst (han fortalte præsten, hvad han havde gjort forkert). I den katolske tro er "skriftemålets segl" ubrydeligt. Det betyder, at en præst aldrig må fortælle nogen, hvad en person har sagt i en skriftemål. Höss fortalte, at han begyndte at bryde sig om religionen, da præsten fortalte Höss' far om noget, Höss havde sagt i en skriftemål. Kort efter døde Höss' far, og Höss begyndte at bevæge sig i retning af et militærliv.
Da Første Verdenskrig begyndte, gjorde Höss kortvarigt tjeneste på et lazaret. Derefter fik han som 14-årig lov til at gå ind i sin fars og bedstefars gamle regiment, den tyske hærs 21. dragonregiment. Som 15-årig kæmpede han med den osmanniske sjette armé ved Baghdad, ved Kut-el-Amara og i Palæstina. Mens han var udstationeret i Tyrkiet, steg han til rang af Feldwebel (sergent). Som 17-årig var han den yngste underofficer i den tyske hær. Mens han var i hæren, blev han såret tre gange og fik malaria. Han blev tildelt Det Osmanniske Riges Gallipoli-stjerne, Jernkorset af første og anden klasse og andre dekorationer.
Nazistisk karriere
Efter Tysklands kapitulation i november 1918 afsluttede Höss gymnasiet. Snart sluttede han sig til de nationalistiske paramilitære grupper, der var ved at blive dannet. Først meldte han sig til det østpreussiske frivillighedskorps. Derefter sluttede han sig til Freikorps Rossbach i landene omkring Østersøen, Schlesien og Ruhrområdet. Höss deltog i de væbnede terrorangreb på polakker under de schlesiske opstande (da polakkerne forsøgte at løsrive sig fra tysk kontrol). Han deltog også i terrorangreb på franske statsborgere under besættelsen af Ruhrområdet (da Ruhrdalen i Tyskland blev besat af Frankrig og Belgien).
Höss meldte sig ind i nazistpartiet i 1922 efter at have hørt Adolf Hitlers tale i München. Höss stod i spidsen for mindst ét politisk mord og tilbragte seks år i fængsel for det.
Den 31. maj 1923 slog Höss og medlemmer af Freikorpset (tyske frivillige soldater) en lokal skolelærer ved navn Walther Kadow ihjel i Mecklenburg i Tyskland. De gjorde det, fordi Martin Bormann ønskede det. Bormann blev senere Hitlers privatsekretær. Bormann troede, at Kadow havde fortalt den franske besættelsesregering, at den nazistiske soldat Albert Leo Schlageter saboterede de franske forsyningslinjer. Schlageter blev arresteret og henrettet den 26. maj 1923. Kort tid efter dræbte Höss og flere medskyldige, herunder Bormann, Kadow af hævn. Efter at en af morderne havde tilstået over for en lokal avis i 1923 blev Höss arresteret og stillet for retten som leder af mordet. Höss sagde senere, at en anden mand i virkeligheden var ansvarlig, men på det tidspunkt accepterede Höss skylden som gruppens leder. Han blev dømt (den 15. eller 17. maj 1924). Hans dom lød på 10 år i Brandenburgs fængsel. Bormann blev idømt et års fængsel.
Höss blev løsladt i juli 1928 som led i en generel amnesti. Han sluttede sig til Völkisch-bevægelsen ("Artaman Ligaen"), en nationalistisk "tilbage-til-landet"-bevægelse, der gik ind for et rent liv på landet.
Den 17. august 1929 blev Höss gift med Hedwig Hensel (3. marts 1908 - 1989), som han mødte i Artaman League. Mellem 1930 og 1943 fik de fem børn: to sønner (Klaus og Hans-Rudolf) og tre døtre (Ingebrigitt, Heidetraut og Annegret).
Indtræden i SS
Höss blev medlem af SS den 1. april 1934, da Heinrich Himmler opfordrede alle nazistiske mænd til at melde sig ind i SS. Höss blev medlem af SS-Totenkopfverbände (Dødens Hoved-enheder) samme år. Han kom til at beundre Himmler så meget, at han troede, at alt, hvad Himmler sagde, var "evangelium". Han foretrak endda at vise Himmlers billede på sit kontor i stedet for Hitlers.
Höss blev overført til koncentrationslejren Dachau i december 1934. Her havde han stillingen som Blockführer ("blokleder"), hvilket betød, at han havde ansvaret for en barak med fanger. I 1938 blev Höss forfremmet til SS-Hauptsturmführer (kaptajn) og blev assistent for Hermann Baranowski i koncentrationslejren Sachsenhausen.
Höss blev medlem af Waffen-SS i 1939, efter at Nazi-Tyskland havde invaderet Polen. Höss var god til sit arbejde, og hans chefer foreslog, at han skulle forfremmes (få et bedre job). Ved afslutningen af sin tjenestetid havde Höss ansvaret for fangernes ejendele.
Auschwitz-kommandoen
Den 1. maj 1940 blev Höss udnævnt til kommandant for Auschwitz, som var en kombination af koncentrationslejre og udryddelseslejr. Höss havde kommandoen over lejren i tre og et halvt år. I løbet af denne periode ændrede han den oprindelige lejr til et enormt kompleks (gruppe af lejre) kaldet Auschwitz-Birkenau. Höss tog til Auschwitz, fast besluttet på "at gøre tingene anderledes" og udvikle en mere effektiv lejr end lejrene i Dachau og Sachsenhausen, hvor han havde arbejdet før. Höss boede i Auschwitz i en villa med sin kone og fem børn.
De første indsatte i Auschwitz var sovjetiske krigsfanger og polske fanger, herunder bønder og intellektuelle. Omkring 700 af disse fanger ankom til Auschwitz i juni 1940; de nazistiske vagter fortalte dem, at de ikke ville overleve mere end 3 måneder.
Auschwitz omfattede i sin største form tre store lejre:
- Auschwitz I: Det administrative center for hele komplekset
- Auschwitz II (Auschwitz-Birkenau): Udryddelseslejren, hvor folk blev sendt til at blive dræbt med det samme
- Auschwitz III (Monowitz): Tvangsarbejdslejren, hvor fangerne blev tvunget til at udføre slavearbejde for I.G. Farben og senere andre tyske virksomheder
Der var også mange mindre "underlejre" i nærheden. Auschwitz-komplekset blev bygget på omkring 8.000 hektar, som var blevet ryddet for alle, der boede der.
I juni 1941 mødtes Höss med SS-kommandant Heinrich Himmler i Berlin. Himmler fortalte Höss, at Hitler havde givet ordre til den endelige løsning - at dræbe hele det jødiske folk. Himmler havde valgt Auschwitz som det sted, hvor Europas jøder skulle udryddes. Han valgte Auschwitz "[fordi] det var let tilgængeligt med jernbane [tog] og også fordi det store område gav plads til foranstaltninger, der sikrede isolation." Det betød, at Auschwitz var stort nok til, at folkemordet på jøderne kunne holdes hemmeligt. Himmler beskrev projektet som et "hemmeligt rigsanliggende". Höss sagde senere, at "ingen fik lov til at tale om disse sager med nogen person, og at alle lovede på sit liv at holde den yderste hemmeligholdelse".
Höss begyndte at afprøve og perfektionere teknikker til massemord den 3. september 1941. Hans eksperimenter gjorde Auschwitz til den lejr, der ville dræbe flest fanger under Holocaust. Höss fortalte senere, at der på en almindelig dag i Auschwitz ankom to til tre tog med hver 2.000 fanger hver dag i perioder på fire til seks uger. Fangerne blev læsset af i dødslejren Birkenau. De fanger, der var stærke, sunde og arbejdsdygtige, blev marcheret til barakker i enten Birkenau eller en af de andre Auschwitz-lejre. Fanger, der var ældre, meget unge, syge eller ude af stand til at udføre tvangsarbejde, blev dræbt i gaskamre, som var forklædt som brusebade. I begyndelsen blev små gasningsbunkere placeret dybt inde i skoven for at holde dem hemmelige. Senere blev der bygget fire store gaskamre og krematorier i Birkenau for at gøre det lettere for nazisterne at dræbe flere mennesker hurtigere.
Teknisk set [var] det ikke så svært - det ville ikke have været svært at udrydde endnu større antal.... Selve drabet tog mindst tid. Man kunne skaffe sig af med 2.000 [mennesker] på en halv time, men det var afbrændingen, der tog al den tid. Aflivningen var let; man havde ikke engang brug for vagter til at drive dem ind i kamrene; de gik bare ind i forventning om at tage brusebad, og i stedet for vand tændte vi for giftgas. Det hele gik meget hurtigt.
Höss eksperimenterede med forskellige giftgasser. I første omgang brugte han bomuldsfiltre, der var gennemvædet af svovlsyre. Senere begyndte Höss at bruge cyanbrinte (blåsyre), som var fremstillet af pesticidet Zyklon B, efter at hans stedfortræder Karl Fritzsch havde testet det på en gruppe russiske fanger i 1941. Höss sagde, at når han brugte Zyklon B, tog det 3-15 minutter for fangerne at dø, og at "vi vidste, hvornår folk var døde, fordi de holdt op med at skrige".
Den 10. november 1943 blev Arthur Liebehenschel kommandant i Auschwitz. Höss overtog Liebehenschels sidste job som formand for Amt D I i Amtsgruppe D i SS-Wirtschafts-Verwaltungshauptamt (WVHA), som styrede koncentrationslejrene. Höss blev også gjort til stedfortræder (assistent) for Richard Glücks, inspektør for alle koncentrationslejre.
Den 8. maj 1944 vendte Höss tilbage til Auschwitz for at føre tilsyn med Aktion Höss. I Aktion Höss blev 430.000 ungarske jøder sendt til Auschwitz og dræbt på 56 dage. Selv det enorme anlæg, som Höss havde bygget, kunne ikke håndtere det enorme antal lig af ofrene. Lejrens personale måtte brænde tusindvis af lig i åbne ildgruber.