Det republikanske parti, anført af Abraham Lincoln, vandt præsidentvalget i 1860. Sydstatsfolkene var oprørte over valget af Lincoln, som var imod slaveri i territorier og nye stater. Efter valget løsrev syv sydstater sig og erklærede deres uafhængighed fra Unionen. De dannede Confederate States of America, endnu inden Lincoln blev præsident den 4. marts 1861. Den afgående amerikanske præsident, James Buchanan, sagde, at dette var i strid med loven, men gjorde intet for at stoppe dem. Lincoln og hans republikanske parti behandlede denne løsrivelse som et oprør.
Kampene startede, da de konfødererede angreb Fort Sumter, som var et fort for Unionens hær, med bomber. Lincoln indkaldte 75.000 frivillige i en periode på 90 dage. Han oprettede også en blokade af sydstaternes kyst og havne. Lincoln havde ikke mere end 40 brugbare krigsskibe og måtte begynde at opbygge sin flåde. Dette skulle forhindre Sydstaterne i at eksportere deres bomuld og importere de krigsmaterialer, de havde brug for til at føre krig. Nordstaterne havde også brug for at opbygge en flåde af kanonbåde til en "brown-water-flåde". Dette skulle støtte Unionens hær i operationer omkring større floder som Mississippi.
Norfolk skibsværft
I 1861 sluttede Virginia sig til Amerikas Konfødererede Stater. I frygt for, at Konføderationen ville overtage kontrollen med værftet, beordrede værftskommandanten Charles Stewart McCauley, at værftet skulle brændes ned. På det tidspunkt blev det kaldt Gosport Navy Yard. På trods af modstridende ordrer fra flådeministeren, mange af hans officerer, der trådte tilbage, og de fleste af hans værftsarbejdere, der forlod ham, begyndte hans tilbageværende mænd at ødelægge skibsværftet. Skibe, der ikke kunne forlade værftet af egen drift, blev brændt. Dette omfattede Unionens krigsskib USS Merrimack. Til sidst blev de to mænd, der var ved at placere sprængstoffer til at sprænge tørdokken i luften, taget til fange, før de kunne afslutte deres arbejde. De konfødererede var i stand til at reparere Gosport og gøre det til et fungerende skibsværft igen.
Indtagelsen af skibsværftet gjorde det muligt for en enorm mængde krigsmateriel at falde i Konføderationens hænder. I alt 1.195 tunge kanoner blev taget og brugt af Konføderationen. De blev brugt i mange områder fra Hampton Roads hele vejen til Fort Donelson i Tennessee. Da de forlod skibsværftet, trak Unionens styrker sig tilbage til Fort Monroe på den anden side af Hampton Roads. Dette var det eneste land i området, som forblev under Unionens kontrol.
I begyndelsen af 1862 blev det konfødererede panserskib CSS Virginia genopbygget ved hjælp af det udbrændte skrog af USS Merimack. I det hastværk, man havde forladt skibsværftet, var Merrimack kun blevet ødelagt over vandlinjen. Konføderationen byggede en pansret overbygning over det udbrændte skrog. I marts og april 1862 var den konfødererede jernpude tæt på at forstyrre Unionens flådes overlegenhed. Ved Hampton Roads begyndte Virginia at sænke de blokaderende unions-krigsskibe næsten efter behag. Flåden blev reddet af ankomsten af Unionens jernpude USS Monitor, som angreb Virginia i slaget ved Hampton Roads. Men efter flere timers kamp var ingen af skibene i stand til at besejre det andet skib. Begge skibe forlod kampen med krav om sejr. Men det lykkedes ikke de konfødererede at bryde blokaden. Da Norfolk faldt i maj 1862, blev CSS Virginia ødelagt af sin besætning, så det ikke ville blive taget til fange. Den konfødererede flåde havde yderligere to jernpramme under konstruktion. Men før de kunne færdiggøres, erobrede Unionens flåde havnen og byen New Orleans, hvor de var ved at blive bygget.
Handelsjægere
Konføderationens flåde indså, at Unionens flåde havde flere skibe, kanoner og mænd, som de havde med deres begrænsede ressourcer. Dette krævede en ændring af strategien. Først ville de bygge forter for at beskytte deres vigtigste floder og havne. De ville bygge kanonbåde til at bistå denne indsats. For det andet opstillede sydstaterne en flåde af flådefartøjer til at angribe Unionens handelsskibe på havet. De bestilte også kapere til at hjælpe med denne indsats.
Dette var ikke et nyt koncept. Amerikanerne havde haft succes med at bruge handelsoverfald mod britiske handelsskibe under den amerikanske revolutionskrig. Da de blev overgået af Unionens flåde, indså de, at de ved at bygge lettere og hurtigere krydsere ville kunne løbe fra de større krigsskibe og gå efter de langsommere og normalt ubevæbnede handelsskibe. Da sydstaterne ikke havde meget skibsbygningskapacitet, lod de disse skibe bygge i Storbritannien. Dette var teknisk set ulovligt, da Storbritannien var et neutralt land. Så disse skibe måtte bygges i hemmelighed.
Nogle af de mest succesfulde og berømte af de konfødererede handelsjagere var:
- CSS Florida var det første af de handelsjagere, der blev bygget i England. Hun sejlede fra Liverpool som Orto og blev udnævnt til CSS Florida den 17. august 1862 på Bahamas. Hun kaprede 37 handelsskibe, og to af disse blev omdannet til commerce raiders. Sammen tog de yderligere 23 skibe. Hun blev ulovligt kapret af USS Wachusett i den neutrale havn Bahia i Brasilien.
- CSS Alabama, kaprede 65 handelsskibe i en periode på 22 måneder. Det brændte 52 af dem, solgte 10 og ombyggede et af dem til endnu et handelsskib, USS Tuscaloosa. Den sænkede også en amerikansk kanonbåd, USS Hatteras, det eneste unionsskib, der gik tabt på åbent hav til et konfødereret plyndringsskib. Det blev sænket i en kamp med USS Kearsarge uden for havnen i Cherbourg i Frankrig.
- CSS Jefferson Davis, et af de mest succesfulde angreb med ni handelsskibe fra Nordstaterne, der blev taget i løbet af to måneder. Hun var et 187 tons tungt tidligere slaveskib. Davis blev sænket i en storm ved St. Augustine i Florida med alle undtagen to af sine skibe, der blev taget til fange.
- CSS Sumter var en dampkrydser bygget i Philadelphia i 1859. Hun blev købt af den konfødererede regering i New Orleans i 1861 og blev kaldt Sumter. På seks måneder kaprede hun 18 amerikanske handelsskibe. Af disse brændte hun 8 og frigjorde eller lagde 9 under kaution. Hun blev blokeret af amerikanske krigsskibe i havnen i Gibraltar. Mens hun befandt sig i Gibraltar, blev hun på skift af en række amerikanske krigsskibe forhindret i at forlade havnen. Hun blev solgt på auktion 19. december 1862, men fortsatte som konfødereret blokadeblokkeringsskib med navnet Gibraltar og under britisk flag. Hun holdt en række amerikanske krigsskibe optaget af at jage hende og holde hende i havn.
Privateers
Konføderationen udstedte også et marskbrev til enhver privat skibskaptajn, der ønskede at tjene penge på at plyndre amerikanske handelsskibe. I begyndelsen var risikoen lav, og de beholdt skibet og dets last på samme måde som pirater. Ejeren og besætningen delte den store fortjeneste op. De undgik at tage kampen op med Unionens krigsskibe og var normalt hurtige nok til at løbe fra dem.
Der var kun ét problem med ordningen. I Paris-erklæringen om søfartslovgivningen, der blev underskrevet i 1865, blev kapervirksomhed forbudt. Alle kapere blev betragtet som pirater og blev idømt dødsstraf, når de blev taget til fange. Selv om USA ikke havde underskrevet aftalen, erklærede præsident Lincoln, at konføderationens kapere var pirater, og at pirater skulle straffes med døden. Dette afholdt ikke en række driftige sydstatsborgere fra at udstyre et skib og engagere sig i pirateri på åbent hav. Et af de første skibe, der blev beslaglagt, gjorde faktisk ondt på Sydstaterne. Det var en last med frugt på vej til havnen i New Orleans.
Snart tog de ulovlige kapere fragtskibe i Den Mexicanske Golf og langs hele USA's østkyst. En tidlig sejr for Unionen var erobringen af CSS Savannah, som kun havde været ude på havet i to dage. Besætningen kom hurtigt for retten for pirateri. Konføderationen truede med at hænge de tilfangetagne søfolk fra Nordstaterne, hvis besætningen blev henrettet. I sidste ende droppede Unionens domstol anklagerne om pirateri og holdt besætningen som krigsfanger. Besætningen blev senere byttet ved en fangeudveksling.
Torpedotjeneste
En moderne torpedo er en cigarformetformet, selvdrevet, undervandseksplosiv anordning, der er designet til at ødelægge et andet skib eller en ubåd. Under borgerkrigen ville det, der dengang blev kaldt en torpedo, bedst kunne beskrives som en sømine.Konføderationens præsident Davis var imod brugen af dem. Han mente, at de var feje våben, og at det var uetisk at bruge dem mod nogen. På trods af Davis' indvendinger vedtog kongressen for de konfødererede stater en lov, der tillod belønninger til alle, der opfandt nye måder at sprænge fjendtlige fartøjer i luften ved hjælp af undervandsbåde og miner.
I St. Louis, Missouri, gemte konfødererede konfødererede sprængstoffer i det brænde, der blev brugt som brændstof til kedlerne på Unionens dampskibe på Mississippi og Missouri-floderne. I 1861 brugte Matthew Fontaine Maury for første gang miner som våben mod fjendtlige skibe. I Virginia gjorde hans "infernalske maskiner" James River næsten fuldstændig ufremkommelig.
En anden opfindelse var kultorpedoen. Den var forklædt som en klump kul og eksploderede, når den blev skovlet ind i en kedel. En anden opfindelse blev kaldt den "horologiske torpedo". Den havde et tidsur, der gjorde det muligt at forsinke eksplosionen. Man udviklede også bedre sikringer og kraftigere sprængstoffer.
Begge sider brugte undervandsminer. Konføderationen havde mere succes. I 1862 sænkede konføderationens miner Unionens panserskib USS Cairo. De ødelagde eller beskadigede snesevis af flere unionsskibe, mens Unionens torpedominer kun sænkede omkring seks konfødererede flådefartøjer.
