Oprindeligt forslag
I 1960'erne mente Hongkongs regering, at de var nødt til at tage højde for den stigende vejtrafik, som den voksende økonomi i Hongkong ville medføre. De britiske transportkonsulenter Freeman, Fox, Wilbur Smith & Associates blev udpeget til at undersøge Hongkongs transportsystem. Konsulenterne offentliggjorde i september 1967 Hong Kong Mass Transport Study, hvori de foreslog opførelsen af et underjordisk jernbanesystem til massetransport i Hongkong.
I 1970 blev et undergrundsnet med fire linjer udlagt og planlagt som led i de britiske konsulenters nye rapport Hong Kong Mass Transit: Further Studies. De fire linjer skulle være Kwun Tong-linjen, Tsuen Wan-linjen, ø-linjen og East Kowloon-linjen. De linjer, der i sidste ende blev anlagt, var imidlertid noget anderledes end de linjer, der oprindeligt blev foreslået i "Hong Kong Mass Transport Study".
I 1972 gav Hongkongs regering tilladelse til at opføre det oprindelige system, et 20 km langt system, som i dag stort set svarer til Kwun Tong-linjen (bortset fra, at den nu strækker sig til Tiu Keng Leng). Forhandlingerne med fire store byggekonsortier blev indledt i 1973. Regeringen havde til hensigt at udbyde hele projektet, der var baseret på det britiske design, som et enkelt udbud til en fast pris. Et konsortium fra Japan underskrev en aftale om at opføre systemet i begyndelsen af 1974, men i december samme år trak det sig ud af aftalen på grund af frygt for den arabiske oliekrise.
Ændret oprindeligt system (Kwun Tong-linjen / Tsuen Wan-linjen)
Flere uger senere, i begyndelsen af 1975, blev der oprettet et statsligt organ kendt som Mass Transport Provisional Authority for at tage sig af projektet. Det meddelte, at det oprindelige system ville blive reduceret en smule til 15,6 km, og omdøbte det til det ændrede oprindelige system. Planerne om en enkelt kontrakt blev også opgivet til fordel for 25 ingeniørkontrakter og 10 elektriske og mekaniske kontrakter.
Desuden blev det statsejede Hong Kong Mass Transit Railway Corporation (MTRC) oprettet som erstatning for Mass Transport Provisional Authority. (Dette var det selskab, som blev efterfulgt af MTR Corporation Limited den 30. juni 2000).
Byggeriet af det ændrede oprindelige system (nu en del af Kwun Tong Line og Tsuen Wan Line) blev påbegyndt i november 1975. Efter næsten fire år var den nordlige del af banen færdig den 30. september 1979. Den 1. oktober 1979 blev den nordlige del åbnet, og der kørte tog fra Shek Kip Mei til Kwun Tong. Strækningen fra Tsim Sha Tsui til Shek Kip Mei blev åbnet i december samme år.
I 1980 kørte et MTR-tog for første gang over havnen, da Kwun Tong-linjen blev forlænget endnu længere til Chater-stationen, der nu er kendt som Central Station. For at imødekomme det stigende antal passagerer blev togene også udvidet til seks vogne.
Tsuen Wan Line
Regeringen godkendte byggeriet af Tsuen Wan Line i 1977, dengang kendt som Tsuen Wan Extension, og arbejdet blev påbegyndt i november 1978. Projektet tilføjede en 10,5 kilometer lang strækning til MTR-systemet fra Prince Edward til Tsuen Wan. Linjen blev taget i brug den 10. maj 1982 med en samlet anlægspris (ikke justeret for inflation) på 4,1 milliarder HK$.
Da denne linje blev taget i brug, blev afsnittet af Kwun Tong-linjen fra Chater til Argyle, den nuværende Mong Kok-station, overført til Tsuen Wan-linjen. Waterloo blev således endestationen for Kwun Tong-linjen, og både Argyle- og Prince Edward-stationerne blev omstigningsstationer. Denne ændring blev foretaget, fordi systemplanlæggerne forventede, at trafikken på Tsuen Wan Line ville overstige trafikken på Kwun Tong Line. Denne forudsigelse viste sig at være ret præcis, hvilket gjorde det nødvendigt at lave en omfartsvej fra de nordvestlige New Territories til Hong Kong Island. Tung Chung-linjen, der blev taget i brug i 1998, tjener netop dette formål.
Selv om der blev købt jord til en station i Tsuen Wan West, blev stationen aldrig bygget. Dette må ikke forveksles med Tsuen Wan West Station på KCR West Rail, som ligger på det nyligt indvundne område nær den tidligere færgeleje.
Det er interessant at bemærke, at det er den eneste linje, hvis linjeføring stort set har været den samme i de sidste 23 år, siden den blev åbnet i 1982. F.eks. er Kwun Tong-linjens linjeføring blevet ændret to gange siden åbningen, nemlig ved at Tsuen Wan-linjen blev overtaget af Tsuen Wan-linjen fra Mong Kok til Central og ved at Tseung Kwan O-linjen blev overtaget af Eastern Harbour Crossing-strækningen.
Island Line
Regeringen gav sin godkendelse til opførelsen af Island Line i december 1980. Byggeriet blev påbegyndt i oktober 1981. Den 31. maj 1985 blev Island Line åbnet med forbindelse mellem Admiralty og Chai Wan stationerne. Både Admiralty- og Centralstationerne blev omstigningsstationer for Tsuen Wan-linjen. Desuden blev hvert tog udvidet til otte vogne.
Den 23. maj 1986 nåede tjenesten Sheung Wan station. Byggeriet af denne station blev forsinket i et år, da regeringskontorerne, der lå oven på stationen, skulle flyttes til en ny placering, før byggeriet kunne begynde.
Udvidelse af Eastern Harbour Crossing
I 1984 godkendte regeringen opførelsen af Eastern Harbour Crossing, en tunnel, der skal bruges af biler og MTR-tog. Kwun Tong-linjen blev forlænget over havnen til Quarry Bay, som blev en omstigningsstation for Kwun Tong-linjen og Island-linjen. Forlængelsen blev lanceret den 5. august 1989. En mellemstation, Lam Tin, blev taget i brug den 1. oktober 1989.
Airport Express og Tung Chung Line
I oktober 1989 blev det besluttet at opføre en ny international lufthavn i Chek Lap Kok på Lantau Island som erstatning for den overfyldte Kai Tak International Airport. Regeringen opfordrede MTR til at bygge en toglinje, dengang kendt som Lantau Airport Railway, til lufthavnen. Men byggeriet blev først påbegyndt, da den kinesiske og den britiske regering i november 1994 løste deres uoverensstemmelser om finansiering og jordfordeling.
I sidste ende blev den nye linje inkluderet i finansieringsplanerne for den nye internationale lufthavn i Hongkong, da lufthavnen ikke blev anset for at være levedygtig uden direkte offentlige transportforbindelser. Anlægsudgifterne blev også delt af MTR, som fik tildelt mange store byggemodninger i anlægsplanerne for de nye stationer.
Lantau lufthavnsbane blev til to MTR-linjer, Tung Chung-linjen og lufthavnsekspressen. Tung Chung-linjen blev officielt åbnet den 21. juni 1998 af Hongkongs regeringsleder Tung Chee Hwa, og driften blev indledt den næste dag. Lufthavnsekspressen blev åbnet den 6. juli 1998 sammen med den nye internationale lufthavn i Hongkong.
Airport Express-linjen er det næstmest populære transportmiddel til Hong Kongs internationale lufthavn. I 2005 tog 22 % af pendlerne Airport Express til og fra lufthavnen.
Tseung Kwan O-linjen
Quarry Bay Congestion Relief Works omfattede en forlængelse af Kwun Tong-linjens ende på Hong Kong Island fra Quarry Bay til North Point via en 4,2 km lang tunnel. Projektet blev iværksat på grund af overfyldte pladser i Quarry Bay og vedvarende klager fra passagererne over den fem minutter lange gåtur fra Island Line-perronerne til Kwun Tong Line-perronen. Byggeriet begyndte i september 1997 og blev afsluttet i september 2001 til en pris af 3,0 mia. HK$ (385 mio. USD). Den gennemprøvede og gennemprøvede omstigningsordning på tværs af perronerne er gentaget her.
Byggeriet af Tseung Kwan O-linjen blev godkendt den 18. august 1998 for at betjene nye boligområder. Byggeriet begyndte den 24. april 1999, og linjen blev officielt åbnet i 2002, hvor den overtog de togspor, der løber gennem Eastern Harbour Tunnel fra Kwun Tong-linjen, der går fra Po Lam til North Point. Da linjen blev åbnet, blev Kwun Tong-linjen omdirigeret til Tiu Keng Leng på den nye linje. Byggeomkostningerne blev delvis dækket af Hongkongs regering og private bygherrer, som knyttede byggeriet af Tseung Kwan O-linjen til nye ejendoms- og erhvervsbyggerier. Tidligere mindre udviklede områder blev åbnet op for udvikling med flere transportmuligheder.
Vestlig jernbanelinje
Mens byggeriet af Tung Chung-linjen stadig var i gang, blev planen om at bygge en jernbanekorridor, der skulle betjene de nordvestlige New Territories, udtænkt. Der var blevet reserveret plads til at tilføje en omstigningsstation og to ekstra spor (for at give mulighed for non-stop service for Airport Express) mellem Olympic og Lai King. Kontrakterne for West Rail Line Interface Works, der oprindeligt var kendt som Airport Railway Phase 2, blev tildelt kort tid efter, at anlægsarbejderne på West Rail begyndte. Projektet omfattede Mei Foo Interchange (ændring af den eksisterende Mei Foo-station på Tsuen Wan-linjen for at skabe en fodgængerforbindelse til West Rail Line Mei Foo-stationen), Nam Cheong-stationen (en interbankstation på Tung Chung-linjen, der drives af MTRCL og KCRC i fællesskab) og fire spor (de to ekstra spor, der er fire kilometer lange, gør det muligt for Tung Chung-linjens tog at standse i Nam Cheong uden at blokere for Airport Express-togene).
Arbejdet blev afsluttet i flere etaper. Togene på Tung Chung-linjen har været omdirigeret til det nye spor siden midten af maj 2003, mens metroen til Mei Foo-stationen og Nam Cheong-stationen blev åbnet samtidig med, at West Rail Line blev åbnet for offentlig brug i december 2003. Kowloon Southern Link-forlængelsen fra Nam Cheong Station til East Tsim Sha Tsui Station blev åbnet den 16. august 2009, og togene fra West Rail Line har nu endestation på Hung Hom Station, som er en samkøringsstation for East Rail Line.
Stationer i krydsningsstationer
Udvekslingen mellem Tsuen Wan-linjen og Kwun Tong-linjen, Island-linjen og Tseung Kwan O-linjen samt mellem Kwun Tong-linjen og Tseung Kwan O-linjen er to stationer lange, hvilket giver mulighed for at skifte mellem togene på tværs af perronerne, hvor en passager forlader et tog på den ene side af perronen og stiger om på den anden side af perronen til en anden linje. Når passagerer f.eks. rejser på Kwun Tong-linjen mod Tiu Keng Leng, kan de ved at stå af på Yau Tong-linjen skifte tog på den anden side af perronen til Tseung Kwan O-linjen mod North Point. Hvis de derimod bliver på toget og når frem til Tiu Keng Leng, kan de stige om bord på togene på Tseung Kwan O-linjen mod Po Lam/LOHAS Park. Dette design gør det mere bekvemt at skifte mellem togene, og passagererne behøver ikke at skifte til forskellige niveauer. Denne omstigningsordning er dog ikke tilgængelig for alle omstigende passagerer på stationerne Kowloon Tong, Central, Hong Kong, Nam Cheong (undtagen omstigning mellem Tuen Mun og Hong Kong-tog), Mei Foo, Tai Wai Station (undtagen afstigning fra Ma On Shan Line for at skifte sydgående tog til East Rail Line) og Sunny Bay (undtagen afstigning fra Tung Chung-tog til Disneyland Resort Line), hovedsagelig fordi denne tjeneste kun er tilgængelig, når der er to sammenhængende stationer, der deles som omstigningsstationer af to linjer.
Der blev gennemført to store arbejder for at lette overgangen mellem Kwun Tong-linjen og East Rail Line. Ombygningen af Kowloon Tong Station blev påbegyndt i juni 2001. En ny fodgængerforbindelse til Kowloon Tong Stations sydlige hal og en ny indgang (udgang D) blev åbnet den 15. april 2004 for at kunne klare den øgede passagerstrøm i forbindelse med overgangen. Ændringen af Tsim Sha Tsui Station omfattede en opgradering af stationsfaciliteterne og indretningen af gangarealerne for at lette adgangen fra den østlige Tsim Sha Tsui Station via dens fodgængerforbindelser. Nye indgange til undergrundsforbindelserne blev åbnet den 19. september 2004 (udgang G) og den 30. marts 2005 (udgang F), og hele projektet blev afsluttet i maj 2005.
Ma On Shan Line
Ma On Shan-linjen blev bygget af KCR for at betjene Ma On Shan og City One-boligområderne, og driften af linjen blev overdraget til MTR. Systemet kører for det meste på en viadukt mellem vejmidter med stationer, der stopper lige ved siden af større bygninger. Det eneste tidspunkt, hvor togene ikke kører på viadukter, er, når jernbanen møder motorvej 2, hvor den kører midt på vejen og derefter hæves tilbage til en viadukt. Jernbanen adskiller sig en smule fra alle andre jernbaner i Hongkong, fordi togene kører til højre og ikke til venstre; det er for at passagererne let kan skifte fra Ma On Shan-linjen til East Rail Line mod Hong Hum. Størstedelen af de passagerer, der benytter banen, stiger af toget i Tai Wai for at skifte til East Rail Line og bruger banen som en føderute.
Udvidelse af Disneyland
Disneyland Resort Line, der tidligere var kendt som Penny's Bay Rail Link, er forbindelsen til Hong Kong Disneyland Resort, som blev åbnet den 12. september 2005. Der blev i 2005 indledt forbindelser til Sunny Bay-stationen på Tung Chung-linjen. Den nye linje og Disneyland Resort-stationen åbnede den 1. august 2005. Der er tale om en 3,5 km lang enkeltsporet jernbane, der kører mellem Sunny Bay-stationen og Disneyland Resort-stationen. Selve Disneyland Resort-stationen er designet til at passe ind i stemningen på feriestedet. Banen kører i øjeblikket fuldt automatiseret, idet togene kører hvert fjerde til tiende minut uden lokomotivfører, og vognene blev ændret fra det eksisterende M-Train-materiel for at matche den rekreative og eventyrlige karakter af den 3,5 minutter lange rejse.
Yderligere udvidelse af Airport Express
Den nye AsiaWorld-Expo-station er en udvidelse af Airport Express, der betjener det nye internationale udstillingscenter, kendt som AsiaWorld-Expo i Hong Kong Internationale Lufthavn. Stationen åbnede den 20. december 2005 sammen med udstillingscentret. For at imødekomme den forventede stigning i passagertallet er Airport Express-togene blevet udvidet med otte vogne i stedet for syv som tidligere. Der vil også blive indsat ekstra tog på Tung Chung-linjen i forbindelse med større udstillinger og arrangementer.
Privatisering og fusion
Den 5. oktober 2000 blev MTR Corporation Limited (MTRCL), der driver MTR-nettet, det første jernbaneselskab i Hongkong, der blev privatiseret, hvilket markerede begyndelsen på Hongkongs regerings initiativ til at opløse sine interesser i offentlige forsyningsvirksomheder. Før dets notering på børsen i Hongkong var Mass Transit Railway Corporation (MTRC) 100 % ejet af Hongkongs regering. Udbuddet omfattede salg af ca. en milliard aktier, og selskabet har nu den største aktionærbase af alle selskaber, der er noteret i Hongkong. I juni 2001 blev MTRCL overført til Hang Seng-indekset.
MTRCL har ofte udviklet ejendomme ved siden af stationer for at supplere sin allerede rentable jernbanevirksomhed. Mange nybyggede stationer er blevet indarbejdet i store boligområder eller butikskomplekser. F.eks. er Tsing Yi-stationen bygget ved siden af indkøbscentret Maritime Square og direkte under boligområdet Tierra Verde.
Den 11. april 2006 underskrev MTRCL et ikke-bindende aftalememorandum med Hongkongs regering, som ejer Kowloon-Canton Railway Corporation, om at sammenlægge driften af de to jernbanenet i Hongkong på trods af KCRC's stærke modstand fra personalet i KCRC. Minoritetsaktionærerne i selskabet godkendte forslaget på en ekstraordinær generalforsamling den 9. oktober 2007, hvilket gav MTRCL mulighed for at overtage driften af KCR-nettet og kombinere de to nets takstsystemer den 2. december 2007.
Den 2. december 2007 gav Kowloon-Canton Railway Corporation (KCRC) MTRCL en 50-årig koncession (som kan forlænges) på KCR-nettet til gengæld for årlige betalinger til KCRC, hvorved de to selskabers jernbanedrift blev lagt sammen under MTRCL's ledelse. Samtidig ændrede MTRCL sit kinesiske navn fra "地鐵有限公司" (Subway Limited Company) til "香港鐵路有限公司" (Hong Kong Railway Limited Company), men lod det engelske navn forblive uændret. Efter fusionen omfattede MTR-nettet yderligere tre linjer, East Rail Line, West Rail Line og Ma On Shan Line, samt letbanenettet og Guangdong Through Train til Guangzhou.
Den 28. september 2008 blev takstområderne for alle pendlerlinjer, der er tidligere KCR, slået sammen. En passager kan rejse på disse net med kun én billet, undtagen ved omstigning mellem Tsim Sha Tsui og East Tsim Sha Tsui stationerne, hvor der kræves to billetter. Der blev også udstedt studierabatter på Octopus Card.