Tidlig regeringstid
William valgte at blive kronet til jul. Det var til dels fordi han troede, at englænderne ville være mindre tilbøjelige til at lave optøjer på denne højtidsdag. Det var også et godt valg, fordi han troede, at det var Guds vilje, at han skulle være konge. Nu var han konge, og William tilbragte nogle få måneder i England. Derefter vendte han tilbage til Normandiet og efterlod England i hænderne på to dygtige mænd. Disse var hans halvbror Odo, biskoppen af Bayeux, og William FitzOsbern. Odo blev gjort til jarl af Kent, mens FitzOsbern blev jarl af Hereford. De resterende tre engelske jarler blev ladt på plads. Da William sejlede tilbage til Normandiet med sig var mange af hans tilhængere. Mange af hans soldater, som var blevet betalt, og andre, som han ønskede at holde styr på. Det var især den engelske ærkebiskop Stigand og Edgar Atheling. Han tog også sine resterende tre engelske jarler med, Edwin, Morcar og Waltheof. Dette var for at ingen af dem kunne starte et oprør, mens han var væk. Vilhelm havde sine pligter derhjemme at tage sig af. Også mange af hans soldater skulle komme tilbage for at holde hertugdømmet sikkert.
Da William vendte tilbage til London i december 1067 begyndte han at finde ud af, hvilke problemer der var opstået, mens han var væk. Hertfordshire var blevet angrebet af Mercians. Derefter havde Exeter ikke accepteret den nye konges styre. William samlede penge ind fra alle de dele af England, der ville betale. Han indkaldte også engelske opkrævninger. Exeter overgav sig, efter at et af dets gidsler blev blændet. Efter at han underlagde Devon og Cornwall virkede alt roligt. I Winchester sendte William bud efter sin hustru Matilda, som blev kronet til dronning af England der ved pinsetid.
Om sommeren var der flere oprør brudt ud. Samtidig flygtede andre fra England. Edgar Atheling tog sammen med sin mor og sine søstre til Skotland, hvor de blev modtaget med kyshånd. I nord samledes stærke anti-normanniske grupper omkring York. Jarl Edwin og hans bror Morcar forlod Vilhelms hof for at slutte sig til oprørerne i nord. Vilhelm byggede derefter et slot ved Warwick. Dette fik jarlene og andre til at give efter for Vilhelm. Andre borge fulgte efter. Vilhelm gik derefter ind i York, hvor andre kom til ham og underkastede sig. Derefter forhandlede han med den skotske konge om at forhindre eventuelle invasioner af England fra nord. Men hans felttog i nord var ikke så effektivt, som han troede. I 1069 udviklede et andet oprør sig til en krig. De mænd, som William havde efterladt i spidsen, var blevet dræbt. En lille normannisk styrke holdt stand i York, da William kom dem til hjælp. Efter at have bygget endnu et slot lod William jarl William FitzOsbern stå i spidsen. I de næste fem måneder var det roligt i nord. Men de nordlige engelske ledere havde sendt bud til kong Svend i Danmark og tilbudt ham kronen, hvis han kunne besejre normannerne. Swein sendte en dansk flåde til England.
I sommeren 1069 dukkede den danske flåde op ud for kysten af Kent. Den bevægede sig op langs kysten mod nord og foretog plyndringer undervejs. Vilhelm og hans hær var i syd for at beskytte mod eventuelle indtrængen. Til sidst sluttede flåden sig til de engelske oprørere på bredden af Humberfloden. De resterende engelske jarler deserterede alle fra William og sluttede sig til de kombinerede engelsk-danske styrker. De rykkede mod den normanniske garnison i York og dræbte alle undtagen et par kvinder og børn. William Malet, en normanner, der havde boet i England før 1066, blev også skånet.
Harrying i nord
Vilhelms nordlige hær blev udslettet, og York lå i ruiner. Samtidig brød mindre oprør ud i Wales og det sydvestlige England. Vilhelm vidste, at han var i problemer. Han begyndte med at indkalde alle sine hærførere og tropper for at samle sine styrker. Kongen vidste, at han med en mindre hær måtte tage sig af en gruppe oprørere ad gangen. Han sendte William FitzOsbern og Brian af Bretagne af sted for at tage sig af Exeter. William selv kæmpede mod en hær, der rykkede ind fra øst. I begge tilfælde sejrede de normanniske hære. Han gik nu videre mod de nordlige hære, der havde ødelagt York. Men han var ikke i stand til at komme længere nordpå end til Pontefract. Efter at have forsøgt i flere uger bestak William den danske flåde til at trække sig tilbage fra York for vinteren. De indvilligede og vendte tilbage til Humbers munding for at overvintre der. Vilhelm var nu i stand til at rykke op til York. Han genopbyggede slottene der. Derefter fik han sine styrker til at sprede sig ud og ødelægge alt, der var nyttigt for den engelske og danske hær til at brødføde sig selv. Resultatet blev en udbredt hungersnød, og befolkningen i området enten forlod området eller sultede ihjel. Dette var Vilhelms berygtede chikane af Norden. Resultatet af alt dette var, at hans engelske jarls og de fleste af oprørerne i England overgav sig. De få tilbageværende grupper blev hurtigt knust af Vilhelms hær. Men en gruppe viste sig at være mere stædig. Denne var ved Chester, og efter en tvangsmarch i løbet af vinteren overraskede William dem, før de var klar. Efter deres overgivelse byggede han yderligere to borge der og vendte derefter tilbage til Winchester.
Styrer England og Normandiet
William måtte aldrig mere lægge et amt øde som Yorkshire. Han havde håndteret de største trusler mod hans styre, men nogle var kun blevet løst delvist. Den danske flåde kom tilbage i 1070, denne gang ledet af kong Swen. De sluttede sig til en lille gruppe oprørere på Isle of Ely under ledelse af Hereward the Wake. Igen bestak William danskerne til at rejse og tog derefter fat på oprørerne. Hereward blev aldrig hørt fra igen.
Vilhelm skulle nu regere både England og Normandiet. Han fandt ud af, at han var nødt til at være til stede for at holde tingene under kontrol. Når han var i Normandiet, udbrød der ofte problemer i England. Men når han var i England, blev Normandiet regeret af hans kone Matilda. Men Fulk Rechin, den nye greve af Anjou, havde taget Maine fra Vilhelms kontrol. Vilhelm måtte tage det tilbage i 1073.
I 1082 arresterede Vilhelm sin halvbror Odo, biskop af Bayeux og jarl af Kent. Årsagen er uvis, men Odo forsøgte at rejse en hær til at marchere mod Rom. Hans plan var at blive den næste pave. William stillede ham for retten på Isle of Wight. Ud over andre forbrydelser var det, at han forsøgte at rejse en hær blandt Vilhelms soldater. Som Vilhelm påpegede, var de nødvendige til forsvaret af England. Odo protesterede, at ikke engang en konge kunne dømme ham. Som biskop kunne kun paven det. Vilhelm svarede, at han ikke beslaglagde en biskop, han beslaglagde sin jarl, som han havde overladt ansvaret under sit fravær. Odo blev fængslet i Normandiet for resten af sit liv.
I 1083 døde dronning Matilda og blev begravet i Caen. De to havde stået hinanden meget nær og var kun uenige om deres søn Robert Curthose. Robert havde gentagne gange gjort oprør mod sin far, men holdt alligevel kontakt med sin mor. Dette forårsagede en kløft mellem dem. Filip I af Frankrig havde fundet det vanskeligt for sin vasal at blive konge ligesom ham selv og var derfor vred på Vilhelm. Da Robert Curthose ikke var stærk nok til selv at kæmpe mod Vilhelm, hjalp kong Philip ham, da han gjorde oprør mod sin far.
I sommeren 1085 erfarede Vilhelm, at Knud 4. af Danmark var ved at gøre en flåde klar til at sejle mod England. Vilhelm kom tilbage til England i efteråret med mange soldater. Han måtte betale dem og give dem mad, hvilket kostede ham store summer. Det kan have været på dette tidspunkt, at han indså, at han ikke havde nogen optegnelser over, hvad der skyldtes ham som konge. Han vidste ikke, om han inddrev alle de skatter, der skyldtes.
Domesday Book
Ved sit julemøde i Gloucester i 1085 bad Vilhelm om at få foretaget en stor undersøgelse i alle dele af England. Kongen ønskede at vide, hvor mange mennesker der boede i hans [kongerige|[rige]]. Han ville vide, hvor stor hver ejendom var, hvad den var værd, og hvor meget indkomst den indbragte. Der var aldrig blevet foretaget en sådan undersøgelse i England før. Den var enestående i sine detaljer og dens bidrag til den engelske historie. Domesday Book var den første offentlige optegnelse i England.
Bogens tekst passer ind i to bind. Det første dækkede 31 amter. Den blev kaldt "Great Domesday" på grund af sin størrelse. Det andet dækkede amterne Essex, Norfolk og Suffolk og blev kaldt "Little Domesday". Fakta blev registreret af flere paneler bestående af biskopper og jarls. Hvert panel indsamlede oplysninger om flere amter. Vilhelm blev præsenteret for en stor samling skriftlige optegnelser den 1. august 1086. Dette blev Domesday Book, selv om det ikke ville blive indbundet i bøger før næsten endnu et århundrede.
Sidste år
William døde, da han var i Rouen, Frankrig, af skader, som han havde fået, da han faldt ned fra en hest, som han ejede.
