Flykaprerne blev ledet af Ziad Jarrah, der er medlem af al-Qaeda. Jarrah er født i Libanon. Han flyttede til Tyskland i 1996 og indskrev sig på universitetet i Greifswald for at studere tysk. Et år senere flyttede han til Hamborg og begyndte at studere flyteknologi på Hamburg University of Applied Sciences. Mens han boede i Hamborg, sluttede Jarrah sig til en radikal terroristcelle i Hamborg.
I november 1999 rejste Jarrah til Afghanistan, hvor han tilbragte tre måneder. I Afghanistan i januar 2000 mødtes han med al-Qaeda-lederen Osama bin Laden. Jarrah vendte tilbage til Tyskland i slutningen af januar og fik i februar et nyt pas uden afghanske passtempler ved falsk at anmelde sit pas som stjålet.
I juni 2000 ankom Jarrah til Florida i juni 2000. Han begyndte at tage flyvetimer og at træne i nærkamp.
Fire andre flykaprere blev trænet til at kæmpe fysisk med besætningen. Tre af dem ledsagede Jarrah på Flight 93. De var Ahmed al-Nami, Hamza al-Ghamdi og Mohand al-Shehri.
Den 3. august 2001 fløj den planlagte femte flykaprer, Mohammed al-Qahtani, fra Dubai til Orlando, Florida, USA. Han blev afhørt af embedsmænd, som ikke troede, at han kunne forsørge sig selv med kun 2.800 dollars i kontanter, og som mistænkte ham for at ville blive illegal indvandrer, fordi han brugte en enkeltbillet. Han blev sendt tilbage til Dubai og vendte senere tilbage til Saudi-Arabien.
Kl. 5.01 om morgenen den 11. september ringede Jarrah fra Newark til Marwan al-Shehhi, kaperpiloten på United Airlines Flight 175, i Boston. Dette opkald skulle tilsyneladende bekræfte, at angrebene var klar til at begynde.
Haznawi og Ghamdi gik om bord på flyet kl. 07.39 og satte sig på henholdsvis sæde 6B og 3D på første klasse. Nami gik om bord et minut senere og satte sig på sæde 3C på første klasse. Inden han gik om bord på flyet foretog Jarrah fem telefonopkald til Libanon, et til Frankrig og et til sin kæreste Aysel Sengün i Tyskland, som han havde sendt et afskedsbrev til dagen før. Han sagde "jeg elsker dig" tre gange og lagde så på, da hun spurgte, hvad der var i vejen.
Da angrebene begyndte at udvikle sig, begyndte flyvelederne at udsende advarsler via ACARS-systemet (Aircraft Communication Addressing and Reporting System). Ed Ballinger, United-flyveleder, begyndte at sende advarsler i cockpittet til United Airlines-flyene kl. 09.19, 17 minutter efter at han blev opmærksom på fly 175's nedslag. Ballinger var ansvarlig for flere flyvninger, og han sendte beskeden til Flight 93 kl. 09.23. Ballinger modtog en rutinemæssig ACARS-besked fra Flight 93 kl. 09.21: "Good morning...Nice clb (climb) outta EWR [Newark Airport]." Meddelelsen kommenterede synet fra cockpittet og vejret og blev underskrevet med initialerne "J.", hvilket indikerer, at den kom fra Jason Dahl, som kendte Ballinger. Kl. 09.22, efter at have hørt om begivenhederne i World Trade Center, fik LeRoy Homers kone, Melody Homer, sendt en ACARS-besked til sin mand i cockpittet for at spørge, om han var okay. Kl. 09.24 modtog Flight 93 Ballingers ACARS-advarsel: "Pas på enhver indtrængen i cockpittet - to a/c [fly] ramte World Trade Center". Kl. 09.26, efter at piloterne to gange havde checket ind med en rutinemæssig højde- og vejrrapport til en flyveleder i FAA's Cleveland Center, skrev Dahl et hastigt, forkert stavet ACARS-svar: "Ed cofirm latest mssg plz -Jason". Kl. 09:27:25, da flyet krydsede ind i det østlige luftrum i Ohio, reagerede flybesætningen på et rutinemæssigt radiokald fra en flyveleder i Cleveland, som fortalte dem, at de skulle holde øje med et andet fly 12 miles væk og to tusind fod over dem. De sagde, at kontakten var negativ, og at de ledte. Dette var den sidste kommunikation fra flybesætningen før kapringen.
Kapringen begyndte kl. 09.28. På dette tidspunkt var fly 11 og 175 allerede styrtet ned i World Trade Center, og fly 77 var ni minutter fra at ramme Pentagon. Kaprerne på disse flyvninger havde ikke ventet mere end 30 minutter med at bemægtige sig flyet, og de slog sandsynligvis til, efter at signalet med sikkerhedsseler var blevet slukket, og kabineservice var begyndt. Det er uvist, hvorfor flykaprerne på Flight 93 ventede 46 minutter med at begynde deres angreb. Ifølge rapporter fra passagerer og besætningsmedlemmer bandt flykaprerne røde bandanaer om hovedet og sprang op fra deres sæder. Kl. 9:28:05, da flyet fløj i 35.000 fods højde over det østlige Ohio, faldt flyet pludselig 685 fod. Kl. 09:28:17, 11 sekunder inde i nedstigningen, hørte Cleveland en mand skrige i cockpitradioen: "Mayday! Mayday! Mayday!" Et andet rabiat råb lød: "Hey! Kom ud herfra!" Cleveland Air Traffic Controller John Werth kendte ikke kilden til det opkald, han hørte, og kunne kun opfatte det, han hørte, som "bare nogle grutturale, grutturale lyde". Han svarede: "Er der nogen, der ringer til Cleveland?", inden han bemærkede Flight 93's hurtige nedstigning og hørte kl. 09:28:50 en anden transmission fra cockpittet, skrig sammen med et endnu mere desperat og forvrænget refræn: "Hey! Kom ud herfra! Kom ud herfra!" Kommissionen konkluderede ikke, om det var Dahl eller andenpilot LeRoy Homer, der gav nødopkaldet, men da Melody Homer og Sandy Dahl, Jason Dahls kone, sammen lyttede til båndet, hævdede Melody Homer, at hun genkendte sin mands stemme som den mand, der råbte. Flyet faldt 209 m (685 fod) på et halvt minut, inden flykaprerne stabiliserede flyet i 34 315 fod og snart begyndte at stige mod sydøst. Af de fire fly, der blev kapret den 11. september 2001, var Flight 93 det eneste fly, der udsendte et nødopkald. Det er sandsynligt, at fordi piloterne var blevet advaret om angrebene på World Trade Center og om at passe på cockpittet, trykkede de, da flykaprerne angreb dem, med vilje på taleknappen på radiomikrofonen, så lyden af kampen i cockpittet vil blive hørt af FAA's jordbaserede kontrollører og af piloter af fly på samme radiofrekvens. Werth mente, at det ikke blot var et råb om hjælp, men også en advarsel. I løbet af de næste to minutter forsøgte Werth syv gange at kontakte Flight 93 uden at få svar, mens andre flyveledere flyttede fly i nærheden væk fra vejen.
Stemmeoptageren i cockpittet begyndte at optage de sidste 30 minutter af Flight 93 kl. 09:31:57. På dette tidspunkt optog den en flykaprers stemme, som menes at være Jarrah, der talte med et standset engelsk med accent, og som trak vejret og gispede tungt, tilsyneladende af anstrengelse, måske efter en kamp: "Mine damer og herrer, her er kaptajnen. Vær venlig at sætte Dem ned og forblive på Deres pladser. Vi har en bombe om bord. Så sæt jer." Kommissionen mente, at Jarrah forsøgte at give en meddelelse til passagererne, men trykkede på den forkerte kontakt, hvilket sendte beskeden til Cleveland-kontrollørerne; Mohamed Atta havde begået den samme fejl på Flight 11. Werth forstod transmissionen og forsøgte at holde kaperpiloten i tale og svarede: "Calling Cleveland center, you're unreadable. Sig det igen, langsomt." Han sendte en ny advarselstekst til Flight 93: "High Security Alert. Secure Cockpit." Werth bad de andre piloter i hans sektor om at følge Flight 93, at holde øje med det kaprede fly.
Optagelserne fra flyvningen viser, at en såret mand, som menes at være Dahl, stønnede i cockpittet. Manden bønfaldt: "Ikke mere" eller "Nej" gentagne gange, mens flykaprerne råbte til ham, at han skulle sætte sig ned og holde op med at røre ved noget. Sandy mener, at Dahl foretog handlinger for at forstyrre flykaprerne, herunder muligvis at deaktivere autopiloten og omdirigere flyets radiofrekvens, så Jarrahs forsøg på at kommunikere med passagererne i stedet blev transmitteret til flyvelederne.
Tom Burnett foretog flere telefonopkald til sin kone fra kl. 09.30.32 fra række 24 og 25, selv om han havde fået tildelt et sæde på række 4. Burnett forklarede, at flyet var blevet kapret af mænd, der påstod at have en bombe. Han sagde også, at en passager var blevet stukket ned med en kniv, og at han troede, at bombetruslen var et kneb for at kontrollere passagererne. Han bad hende ringe til myndighederne og lagde derefter på. Under sit andet opkald til hende sagde Burnett, at den stukket ned-passager var død; han undersøgte, om han havde en puls, men fandt ingen. Det menes, at passageren Mark Rothenberg var offeret. Rothenberg var den eneste passager på første klasse, som ikke ringede efter kapringen. Rothenberg sad på plads 5B, og Haznawi sad lige bag ham på plads 6B. På fly 11 angreb Satam al-Suqami på sæde 10B passager Daniel Lewin, der sad lige foran ham på sæde 9B, på fly 11. En formodning er, at Haznawi angreb Rothenberg uprovokeret for at skræmme andre passagerer og besætningsmedlemmer til at adlyde. Alternativt kan Rothenberg have forsøgt at stoppe kapringen og konfrontere flykaprerne. Burnetts kone informerede ham om angrebene på World Trade Center, og han svarede, at flykaprerne "talte om at styrte dette fly ned". ... Åh gud. Det er en selvmordsmission." Han begyndte at spørge hende om oplysninger om angrebene og afbrød hende fra tid til anden for at fortælle de andre i nærheden, hvad hun sagde. Så lagde han på. I sit næste opkald sagde Burnett, som var blevet informeret om angrebet på Pentagon, at han var ved at lægge en plan, og at "en gruppe" hjalp ham. Han sluttede sit sidste opkald med at sige: "Bare rolig, vi skal nok gøre noget".
I cockpittet fortsatte den sårede mand med at stønne og gentog tilsyneladende at slå autopiloten fra, da der kl. 09.40 lød hornlyde, der indikerede, at flykaprerne gentagne gange havde problemer med autopiloten og pillede ved en grøn knap. "Denne grønne knap?" spørger en af flykaprerne den anden på arabisk. En anden flykaprer svarede: "Ja, det er den." Kl. 09:41:56 sagde den sårede mand i en stønnende tone: "Åh, mand!".
