Candidatus er et begreb i taksonomien (videnskabelig klassifikation) af bakterier.

Det er en betegnelse, der sættes foran navnet på en bakterie, som ikke kan dyrkes på en agarplade eller i nogen anden bakteriologisk kultur. Et eksempel er "Candidatus Phytoplasma allocasuarinae". Candidatus-status kan anvendes, når en art eller slægt er velundersøgt, men ikke kan dyrkes. I dag fås mange oplysninger ved hjælp af 16S ribosomal RNA-sekvensanalyse.

Hvad betyder betegnelsen i praksis?

Candidatus angiver en foreløbig eller provisorisk taksonomisk status. Betegnelsen bruges til at navngive mikroorganismer, som er påvist og karakteriseret ved molekylære, mikroskopiske eller andre indirekte metoder, men som ikke er bragt i ren kultur under laboratorieforhold. Formålet er at give forskere et fælles navn at referere til, selvom organismen endnu ikke opfylder alle krav til formel navngivning efter gældende regler for prokaryot nomenklatur.

Hvornår anvendes Candidatus?

  • Når organismen er kendt gennem DNA-sekvenser (fx 16S rRNA) fra miljøprøver eller værtsorganismer, men ikke kan dyrkes.
  • Når morfologi, økologi eller genomisk information er tilstrækkelig til at beskrive organismen videnskabeligt, men isolering i kultur ikke er mulig.
  • Når man ønsker at formidle viden om en vigtig, men uudyrket, mikroorganisme — fx sygdomsrelaterede agenter, symbionter eller dominerende medlemmer af mikrobielle samfund.

Hvordan identificeres og karakteriseres disse arter?

Metoder, som ofte bruges til at dokumentere kandidater, omfatter:

  • 16S rRNA-sekvensanalyse og andre phylogenetiske markører til at bestemme slægtskab.
  • Metagenomik (samlet genomisk sekventering fra miljøprøver), som kan give næsten komplette genomer uden dyrkning.
  • Single-cell genomics, hvor enkelte celler isoleres og sekventeres.
  • FISH (fluorescens in situ hybridisering) og elektronmikroskopi til visuel identifikation og lokalisering i væv eller miljøprøver.

Betydning og begrænsninger

Brugen af Candidatus har gjort det muligt at beskrive og kommunikere om et stort antal mikroorganismer fra fx jord, hav, tarmflora og sygdomsårsagende miljøer — ofte omtalt som den mikrobielle "dark matter". Det gør det lettere at integrere molekylære fund i taksonomi og økologi.

Samtidig er der begrænsninger: betegnelsen er provisorisk og anses ikke for et fuldt gyldigt navn i formel nomenklatur, fordi de krav, der stilles for en gyldig publikation (fx dyrkning og deposition af en typekultur), ikke er opfyldt. Hvis en organisme senere dyrkes og beskrives fuldt ud, kan den få et formelt, gyldigt navn, og Candidatus-præfikset fjernes.

Navne på uudyrkede taxa skrives typisk som "Candidatus Genus species" og anvendes i litteraturen som et praktisk, men ikke endeligt, navn. Det er også almindeligt at forkorte Candidatus til "Ca." i løbende tekst.

Eksempel

Et konkret eksempel er nævnt ovenfor: "Candidatus Phytoplasma allocasuarinae", hvor organismen er påvist i værtsplanten ved molekylære metoder, men ikke er dyrket i laboratoriekultur.

Samlet set er Candidatus et nyttigt værktøj i moderne mikrobiologi, der hjælper forskere med at navngive og diskutere uudyrkede, men veldokumenterede mikroorganismer, indtil mere fuldstændig karakterisering (herunder dyrkning) kan foretages.