Bionicles historie i 2001-2008 foregik i en science fantasy-verden, der overvejende er beboet af delvist organiske væsener og delvist maskinelle væsener i en underjordisk verden, som eksisterer i massive kupler under jorden. Denne verden (kaldet "The Matoran Universe") og dens racer blev engang beskyttet af en stor ånd ved navn Mata Nui, indtil han blev kastet i en evig dvale af den onde Makuta Teridax og Makutas broderskab. Matoranernes verden begyndte at falde fra hinanden. Men masken af liv, der var gemt i Mata Nui, blev sendt ud i rummet for at finde en ny planet. Masken landede på planeten Bara Magna, og masken skabte en lille krop.
I 2009 begyndte en helt ny saga af historien, hvor man forlod de tidligere år og tog ud til nye muligheder, da Mata Nui efter at være blevet forvist af Makuta Teridax nødlandede på en mystisk øde planet kaldet Bara Magna. Her bliver han historiens centrum og får nye allierede, mens han forsøger at finde en måde at redde Matoran og Toa'erne fra Makuta Teridax' tyranniske styre.
2001 - Jagten på maskerne
Historien begynder med seks Toa Mata: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu og Onua ankommer til en ø kendt som øen Mata Nui og husker ikke andet end deres navne. De opdagede, at indbyggerne, Matoran-landsbyboerne, står over for konstante angreb fra inficerede Rahi, vilde bæster, der kontrolleres af Makuta Teridax' magtfulde indflydelse ved hjælp af inficerede Kanohi-masker, hvilket forårsagede en krig, der varede omkring 1000 år. Efter at have søgt efter og fundet adskillige Kanohi-masker modtager Toa'erne hver især en gylden Kanohi-maske med enorme kræfter og opsøger Makuta selv. Efter at have udfordret de glubske Manas-krabber og Shadow Toa (onde dobbeltgænger-lignende illusoriske kopier af Toa'erne) konfronterer Toa'erne Makuta og besejrer ham ved at forene deres elementære kræfter.
2002 - Bohrok-sværmene
Da Makuta besejrede ham, frigjorde han den gamle Bohrok. Bohrok er robot-droner, der blev designet til at "rense" øen Mata Nui til dens tilstand "i fortiden". Bohrok begyndte at rive sig gennem landsbyerne på øen og tvang Matoran til at flygte. En opfindsom Matoran fra Jorden, Nuparu, bygger et kraftfuldt køretøj kaldet Boxor, der er lavet af dele af en beskadiget Bohrok, for at bekæmpe sværmene. Toa'erne, der ikke var klar over Bohroks formål, samlede Bohroks Krana (maskelignende væsner, der fungerer som deres hjerner) for at konfrontere Bohrok-dronningerne, Bahrag'erne: Cahdok og Gahdok. De besejrede Cahdok og Gahdok bliver lukket inde i et fængsel, der er skabt af Toa'ernes elementære kræfter. Toa Mata bliver derefter udsat for et stof kaldet Energized Protodermis, som forvandler dem og giver dem nye rustninger og våben. De omdøber sig selv til "Toa Nuva".
2003 - Bohrok-Kal-strejken og lysmasken
Da Cahdok og Gahdok er blevet besejret, stoppes Bohrok-sværmene og vender tilbage til deres bistader. Imidlertid dukkede seks nye elite-Bohrok, kaldet Bohrok-Kal, op med det formål at frigøre Bahrag. De fortsatte derefter med at stjæle Toa Nuva's kræfter, som er nøglen til at bryde seglet. På randen af nederlag tvinger Toa'erne alle deres kræfter ind i Bohrok-Kal, overbelaster dem og besejrer dem.
Kort efter opdagede to matoranere, Takua og Jaller, Kanohi Light Mask of Light. De fik til opgave at rejse tværs over øen Mata Nui for at finde Toa of Light. I mellemtiden skabte Makuta seks væsner kaldet Rahkshi og sendte dem ud for at finde masken og forhindre Toa of Light i at komme. Rahkshi'erne hærgede Mata Nui og ødelagde landsbyerne Ta-Koro og Onu-Koro. Rahkshi'erne blev stoppet af Toa'erne, men ikke før de havde dræbt Jaller. Jaller's død fik Takua til at indse, at han var Toa of Light, og han tog masken på for at blive Toa Takanuva. Takanuva gik ud for at konfrontere Makuta, og under deres kamp faldt de begge i en pulje af energiseret protodermis, en sølvfarvet substans med magt til at ændre eller ødelægge et væsen, og blev smeltet sammen til væsenet Takutanuva. Takutanuva fortsatte derefter med at åbne døren til Metru Nui by og lod Matoran og Toa komme igennem. Ved hjælp af noget af sin livsenergi genoplivede han Jaller, mens han stadig holdt døren åben. Brugen af energi var dog for stor, og Takutanuva blev knust af døren, hvilket tilsyneladende dræbte både Takanuva og Teridax og kun efterlod Takanuvas Maske af lys. Takanuva blev straks genoplivet, da hans maske blev brugt til at aktivere signalet til Metru Nui. Herefter forberedte Matoranerne sig på at vende tilbage til øbyen Metru Nui.
2004 - Legender fra Metru Nui
Da Matoranerne forberedte sig på at rejse til Metru Nui, afslørede Turagaerne (landsbyens ældste), at de engang havde været Toa og kæmpede i Metru Nui mod trusler som Morbuzakh-planternes væsen og de Dume-kontrollerede Vahki-styrker. Som Matoran blev de forvandlet til Toa Metru af Toa-sten, der indeholdt kraft, som Toa Lhikan havde ofret. Deres mission var at finde de seks store skiver og besejre Morbuzakh, en plante, der truede med at ødelægge byen. Da de gjorde det, blev de imidlertid forrådt af Dume, byens Turaga. Senere opdagede de, at Makuta Teridax havde taget Dumes forklædning på sig og overtaget kontrollen med Vahki (lovhåndhævelsesrobotter). Hans plan var at få Matoranerne til at falde i søvn, slette deres hukommelse og vække dem igen "som deres erobrer". Toa'erne flygtede, men blev angrebet af Teridax. Ved at kombinere deres elementære kræfter var de i stand til at forsegle Teridax i et fængsel af krystalliseret protodermis. Toa'erne rejste til en ny ø, som senere blev kendt som Mata Nui, og lovede at vende tilbage for at redde Matoranerne.
2005 - Skyggernes net
De vender tilbage. Men den onde kong Sidorak og hans vicekonge Roodaka har hersket på øen med onde edderkoppe-lignende væsner kaldet Visorak. Toa'erne blev snart fanget og muterede til bestialske Toa Hordika. For at blive normale igen opsøgte Toa'erne den legendariske Rahi Keetongu. Toa Vakama forrådte imidlertid de andre Toa og sluttede sig til Sidorak, som gjorde ham til leder af Visorak'erne. De andre Toa konfronterede Visorak-horden i et stort slag og overbeviste Vakama om at slutte sig til dem igen. Vakama beordrede derefter Visorak'erne til at blive befriet. Keetongu dræbte derefter Sidorak, som Roodaka og Vakama forrådte. De seks Toa besejrede derefter Roodaka med alle deres seks elementarkræfter. Dette havde dog den bivirkning, at Makuta blev befriet, fordi Roodaka bar et fragment af hans fængsel. Toa'erne slog hende af denne grund. Efter at være blevet genoprettet af Keetongu bragte Toa Metru Matoran'erne til en ny ø. Da de ofrede deres kraft for at vække Matoranerne, blev de til Turaga og etablerede senere nye landsbyer på denne ø kaldet Mata Nui.
2006 - Øen af undergang
Toa Nuva erfarede, at Mata Nui ikke blot sov, men var døende. For at redde ham må de rejse til øen Voya Nui og søge den mystiske Kanohi Ignika, livets maske. Toa Nuva begiver sig ud på dette eventyr, men bliver hurtigt taget til fange af seks nye og magtfulde fjender, Pirakaerne: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak og Avak. De søgte masken til deres egne mørke formål. Da Toa'erne ikke vendte tilbage, fulgte en gruppe på seks Matoran efter dem. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu og Matoro flygtede til øen i Toa-beholdere, men på deres rejse blev de forvandlet til Toa Inika af lysbolte fra den røde stjerne. Ved deres ankomst lærer de om Pirakaerne og om, hvordan de slavebandt de lokale Matoran ved at udgive sig for at være falske Toa, for at få Matoranerne til at bygge en fæstning til dem. Med hjælp fra en lille Matoran-modstand og den gamle vogter Axonn kunne Toa Inika befri Toa Nuva, finde maskens tempel og bekæmpe Piraka'erne og de andre væsner, der vogter det. De kom til sidst ud som sejrherrer med Kanohi. Men Livets Maske besad sin egen vilje, og i sidste øjeblik undslipper den dem alle og styrter ned i havets dybder.
2007 - Mørkets hav
Efter jagten på Livets Maske steg Toa Inika ned i vandet efter at have modtaget det mystiske hint "red den sunkne by" fra en ukendt Matoran, som havde reddet Hahli fra at drukne, men på bekostning af at han døde af dekompressionssygdom.[14] En energiudladning fra Livets Maske forvandlede Toa Inika til vandåndende former. De opdagede en beboet landsby Mahri Nui, der havde løsrevet sig fra Voya Nui og var sunket for tusind år siden. Landsbyen var truet af gamle krigsherrer kendt som Barraki, der var blevet muteret af det nærliggende mutagene vand kaldet "The Pit". Toa'erne, der nu var kendt som Toa Mahri, kæmpede mod Barraki'erne for at overleve. Men da Toa'erne hentede masken, døde den store ånd. Da Toa Matoro indså, at der stadig var håb, skyndte han sig til universets kerne og ofrede sit liv for at genoplive Mata Nui. I de sidste øjeblikke af sit liv brugte Toa Matoro maskens kraft til at teleportere Toa Mahri tilbage til Metru Nui og give dem mulighed for at trække vejret igen. Den store ånds liv blev reddet, men han skulle stadig vækkes.
2008 - Det sidste slag
Efter at have fået nye rustninger og våben af Artakha ankom Toa Nuva til Karda Nui, universets kerne. Her kom de til at stå over for Makuta, som forsøgte at forvandle befolkningen af Av-Matoran - Matoran af lys - til Shadow Matoran. Toa Nuva fik hjælp af ankomsten af Takanuva, der nu var i stand til at kontrollere Lys og Skygge på grund af et angreb fra en skyggeløber, og Toa Ignika, som er selve Livets Maske. Kanohi Ignika havde lavet en krop til sig selv, fordi den ønskede at se, hvordan det var at være et levende væsen. Med deres forenede kræfter nåede de frem til en struktur i centrum af Karda Nui kaldet Codrex, hvor Toa Ignika måtte ofre sin nye krop for at vække Mata Nui. Takanuva fik med hjælp fra de resterende ukorrumperede Av-Matoran de resterende Skygge-Matoran tilbage til deres tidligere tilstand. Kort efter undslap Toa'erne kernen, før energistormen forårsaget af Mata Nuis opvågnen kunne ødelægge dem. Det lykkedes dog ikke Makuta'erne at flygte, og de blev alle dræbt. Tilbage i Metru Nui blev Mata Nuis opvågnen fejret, men fejringen blev afbrudt, da det blev afsløret, at Teridax havde overtaget Mata Nuis krop, der viste sig at være Matoranernes univers. Han fangede Mata Nuis ånd i livets maske og sendte den ud i rummet, så den tidligere store ånd ikke kan forstyrre hans kontrol over universet.
2009 - Legenden genfødt
Bionicle-historien fortsætter, efter at Mata Nui blev forvist fra sin krop af Makuta Teridax til en planet kaldet Bara Magna. Med undtagelse af nogle få vilde dyrearter er Bara Magna en øde ørkenplanet, som kun har få ressourcer, så hver stamme på planeten har nogle få krigere, kaldet Glatorian, til at kæmpe for dem. Disse ressourcer, såsom mad og vand, fordeles i overensstemmelse hermed. Landsbyboerne i denne verden er kendt som Agori. Agori udgør tilsammen seks forskellige stammer, som hver især er tilknyttet en region. Efter at Livets Maske lander på Bara Magna, skaber den et legeme, som Mata Nui kan bruge. Mata Nui slår sig derefter sammen med nogle få Glatorianere for at besejre de kombinerede styrker af Skrall og Bone Hunters, to store trusler mod landsbyerne, og leder efter en måde at vende tilbage til sin krop på. Med hjælp fra sine nye Glatorian- og Agori-venner afslører han en forræder kaldet Metus og besejrer Skrall og Bone Hunters. Han hjælper verdens landsbyer med at forene sig, idet han tager alle de gigantiske robotstykker og forbinder dem til en stor prototype af en robotkrop, en krop som den, Matoranuniverset befinder sig i.
2010 - Rejsens afslutning
Efter at have besejret Skrall'erne og set resten af landsbyerne forenes, står Mata Nui over for udfordringen med at tage sin gamle krop tilbage fra Teridax. Han erfarer, at han blev skabt af de store væsener på planeten Spherus Magna, som nu er delt i en junglemåne (Bota Magna), en havmåne (Aqua Magna) og den resterende ørkenplanet (Bara Magna) som følge af kernekrigen. Mata Nui får også at vide, at der før han blev bygget, var der en tidligere robot, som Agori'erne bruger som deres hjem. En Agori fra Tesara ved navn Tarduk hjælper Mata Nui ved at vise ham en ældgammel energikilde, der kunne sætte strøm til den gamle robot.
På denne sidste rejse vender to helte tilbage for at afslutte kampen: Tahu, der er vendt tilbage til sin oprindelige form for at bære den kraftfulde gyldne rustning, og Takanuva. De får hjælp af Gresh. De bekæmper Skakdi-krigsherren Nektann for at besejre Makuta og hans hær, horder af Rahkshi, der er bevæbnet med varmesyn, og Skrall.
Historien fortsætter, mens styrkerne i både Matoran-universet og Glatorian står over for det kommende angreb fra Skakdi, Rahkshi og Skrall. Tahu, Gresh og Takanuva samler Tahu, Gresh og Takanuva den gyldne rustning, der blev spredt af Makutas eksplosion, op fra de mange fjender. Tahu besejrer Skakdi-krigsherren Nektann og tager derefter rustningen på, som brænder alle Rahkshi Kraata på Bara Magna.
Teridax hævder, at han vil ødelægge Bara Magna med gravitisk energi, indtil Mata Nui tvinger sin arm opad, hvilket får Teridax til at sende energibølgen til månerne over ham. Mata Nui skubber Teridax tilbage ind i en af de fremstormende måner, den grønne måne Bota Magna, hvis nedslag ødelægger hans kerneprocessor, hvilket dræber Teridax. Mata Nui begræder derefter den bror, som han kunne have haft, i sit sind.
Finalen slutter, da Mata Nui bruger sin styrke og kraften i Livets Maske til at samle Spherus Magna igen, til at helbrede dem, der blev muteret af Pit Mutagen, til at bringe liv tilbage til planeten og til at genopbygge ødelagte geografiske områder. Belastningen får hans kraftkerne til at gå i opløsning og ødelægger prototypen af robotten. Da Glatorianeren og Toa'erne opdager Ignika uskadt på det sted, hvor Mata Nui var, taler Mata Nui til dem inde fra Livets Maske. Han fortæller dem, at fremtiden er deres egen, og at det er dem, der skal bygge den. Derefter forbliver han i dvale i Ignika'en. Agori, Matoran, Toa, Glatorianere og alle andre begynder et nyt liv på Spherus Magna.
Fremtiden for Bionicle
Bionicle-legokæden sluttede i slutningen af 2009, efter at 2010-sættene blev færdiggjort til udgivelse, og blev i sommeren 2010 erstattet af Hero Factory, et Lego-tema, der er kompatibelt med Bionicle-sættene. Men på trods af dette fortsætter historien i føljetoner skrevet af Greg Farshtey online på BIONICLEstory.com.
