Tidlig karriere (San Diego Chargers, BC Lions, Washington Redskins)
I 1993 blev Green valgt som nummer seksogtyvende i ottende runde og 222. i alt af San Diego Chargers. Han tilbragte et år som backup og fik ingen spilletid. Efter at være blevet skåret i 1994 af British Columbia Lions i Canadian Football League, kom han til Washington Redskins. Ud over en enkelt aflevering i 1997 kom han ikke i NFL-kampe før 1998, hvor han kastede for 3.441 yards, 23 touchdowns og 11 interceptions.
Greens succes kom lige i tide, da han blev en ubegrænset free agent efter 1998-sæsonen. Han afviste et 4-årigt tilbud på 12 millioner dollars fra Redskins.
Første ophold hos Rams
Den 15. februar 1999 indgik Green en 4-årig kontrakt på 17,5 millioner dollars med St. Louis Rams, som omfattede en bonus på 4,5 millioner dollars ved underskrivelsen. I 1999 var Green udset til at være starter for Rams, men han pådrog sig en grusom knæskade, der afsluttede sæsonen, i en preseason-kamp efter et slag af Rodney Harrison fra Chargers. Den uberygtede backup Kurt Warner tog over for Green og førte Rams til en 13-3 sæson, der kulminerede med en dramatisk 23-16 sejr over Tennessee Titans i Super Bowl XXXIV.
I 2000 begyndte Green sæsonen som backup for Warner, den regerende NFL MVP. Han startede fem kampe i midten af sæsonen, mens Warner var ude med en brækket hånd. Green og Warner førte tilsammen Rams til det dengang højeste antal passing yards i NFL's historie. Med Warner tilbage som quarterback blev Rams slået i wild card-runden af New Orleans Saints. Green blev i løbet af eftersæsonen handlet til Kansas City Chiefs for det 12. samlede valg i NFL Draft 2001.
Kansas City Chiefs
I sin første sæson i Kansas City havde Green problemer på trods af tilstedeværelsen af tight end Tony Gonzalez og running back Priest Holmes. Han kastede for 3.783 yards og 17 touchdowns, men kastede også 24 interceptions. Green viste markante forbedringer i 2002, hvor han kastede 26 touchdowns og kun 13 interceptions, mens Chiefs fik 8-8 point. Green slog også rekorden for det længste afleveringsspil i NFL's historie (99 yards) den 22. december 2002 med en aflevering til Marc Boerigter i en kamp mod San Diego Chargers. I 2003 havde Green sit gennembrudsår, hvor han kastede for 4.039 yards, 24 touchdowns og 12 interceptions. Han førte Chiefs til en 13-3-rekord og en første runde i slutspillet. I divisionsslutspillet tabte de dog med 38-31 til Peyton Manning og Indianapolis Colts. Kampen var bemærkelsesværdig, fordi ingen af holdene lavede nogen punts, hvilket var en premiere i NFL's slutspilshistorie. Green blev valgt til sin første Pro Bowl det år. Den næste sæson gik Chiefs 7-9, da Priest Holmes pådrog sig en knæskade i den ottende kamp mod Tampa Bay Buccaneers i Tampa, Florida, og missede resten af den regulære sæson. På det tidspunkt var han førende i ligaen i både rushing og scoring. Green havde dog stadig et fremragende år, hvor han passede for 4.591 yards, 27 touchdowns og 17 interceptions. Hans samlede antal afleveringer i 2004 var kun overgået af Minnesota's Daunte Culpepper.
I 2005 forbedrede Chiefs, med et forbedret forsvar, deres rekord til 10-6, men nåede ikke slutspillet. Green havde endnu en stærk sæson i 2005, hvor han kastede for 4.010 yards (kun overgået af New Englands Tom Brady) og kun kastede 10 interceptions, hvilket er hans laveste antal i en sæson nogensinde. Green blev valgt til sin anden Pro Bowl efter sæsonen. Green har den ære at have fire sæsoner i træk med en QB rating på 90,0 eller bedre, hvoraf tre af dem med over 4.000 passing yards. Green har startet 80 kampe i træk i løbet af sine første fem år hos Chiefs, hvilket er holdets rekord.
Greens sæson 2006 blev sat i fare af en alvorlig hjernerystelse, som han pådrog sig i sæsonens første kamp den 10. september 2006 mod Cincinnati Bengals i Kansas City. Green forsøgte at glide under et spil i tredje quarter, men blev ramt hårdt af Cincinnatis defensive end Robert Geathers, der havde sænket sine skuldre, men i stedet ramte quarterbacken i en usædvanlig position. Officialen fastslog dog, at der ikke var begået nogen foul, og Geathers insisterede på, at han havde forsøgt at tjekke op, men blev skubbet af Chiefs-receiver Eddie Kennison. CBS-speakeren Randy Cross, der er tidligere offensiv lineman i San Francisco 49ers, mente, at slaget var utilsigtet og støttede officialernes beslutning. Officials fra National Football League indtog samme holdning og afviste den 13. september 2006 at give Robert Geathers en bøde, fordi han ikke havde fuld kontrol over sin krop. Green blev bevidstløs, og kampen blev forsinket i over et kvarter, mens han fik lægehjælp. Han kom angiveligt til bevidsthed igen i tunnelen og kunne ikke huske spillet. Ifølge Chiefs' general manager Carl Peterson viste de indledende lægebesøg, at Green havde "en meget, meget alvorlig hjernerystelse" og at han ville være ude på ubestemt tid.
Lørdag den 21. oktober 2006 blev det rapporteret, at Green var godkendt af lægerne til at vende tilbage til træning. Chiefs præsident og general manager Carl Peterson sagde, at dette ikke betyder, at han er klar til at spille. Peterson bekræftede, at Greens tilbagevenden til træning ville ske i et kontrolleret miljø for at se, hvor langt han er nået i sin bedring efter en "meget, meget alvorlig hjernerystelse".
Den 15. november 2006 meddelte cheftræner Herman Edwards fra Kansas City Chiefs, at Green ville overtage sit job som quarterback fra Damon Huard, som tog over, da Green pådrog sig en hjernerystelse.
Greens karriere i Kansas City sluttede med endnu et nederlag i slutspillet mod Peyton Manning og Indianapolis Colts i Wild Card-runden i NFL-slutspillet i 2006.
Den 27. februar 2007 blev Damon Huard genforenet med Chiefs for 7,5 millioner dollars over tre år, hvilket skabte en "quarterback-kontrovers i Kansas City". Green blev i første omgang bedt om at tage en lønnedgang i sin 2007-løn, og havde fået tilladelse til at søge en handel til et andet hold. Blandt de interesserede hold var Miami Dolphins (som tilbød et draftvalg i syvende runde til Chiefs, men Chiefs afslog og søgte i stedet et valg i femte runde), Detroit Lions og Cleveland Browns var også interesserede i Green før NFL Draft 2007. Green blev ikke handlet i draftweekenden som tidligere forventet. Green sagde, at han ikke ville vende tilbage til Kansas City, hvilket derfor gjorde hans løsladelse mulig. Green havde fortalt Chiefs, at Miami var hans præference, da han tidligere havde arbejdet under både cheftræner Cam Cameron og quarterbacks coach Terry Shea.
Miami Dolphins
Den 5. juni 2007 indvilligede Chiefs i at handle Green til Miami Dolphins for et betinget femte-runde valg i NFL Draft 2008, indtil Green havde bestået en fysisk undersøgelse, som han efterfølgende bestod. Green blev præsenteret på en pressekonference i Miami den 6. juni. Draftvalget ville være blevet til et fjerde-rundevalg, hvis Green spillede mere end 70 procent af Miamis offensive spil. Den 20. august udnævnte Dolphins Green til starter med Cleo Lemon som backup, til trods for at ingen af dem havde kastet en touchdown-pass indtil da i pre-season play. John Beck, der blev valgt i anden runde, blev udnævnt som tredjevalg.
Greens position på sit nye hold - og hans karriere - blev øjeblikkeligt bragt i fare den 7. oktober, da han pådrog sig endnu en alvorlig hjernerystelse tidligt i en kamp mod Texans i Houston. Med lidt under 4 minutter tilbage at spille i første quarter satte Green sin skulder lavt mod knæene på den 315 pund tunge Houston-defensive tackle Travis Johnson i et vellykket forsøg på at blokere ham i et spil, der startede med en fumbled handoff til Dolphins rookie wide receiver Ted Ginn Jr. Ginn, der løb fra højre til venstre på tværs af backfield, da afleveringen blev fumbled, genvandt bolden nær sidelinjen og vendte derefter tilbage i feltet. Johnson faldt ned i et tumult på blokken, samtidig med at Green faldt med ansigtet ned på græsset og blev slået ud efter at have ramt Johnsons knæ med sin hjelm. Da Johnson rejste sig op og så, at Ginn var blevet stoppet, og at spillet var slut, gik han straks hen til Greens krop og stak sin finger mod den ubevægelige quarterback. Johnson fik en 15-yard straf for hån, og lægerne fandt hurtigt frem til Green. Efter at være blevet undersøgt på banen i næsten fem minutter blev Green kørt væk på en båre, mens Cleo Lemon trådte ind for at tage hans plads.
Efter kampen havde en vred Travis Johnson hårde ord til Green, hvor han sammenlignede ham med "fugleskræmslet [der] ønsker at få mod" og kaldte blokaden "ondsindet". Texans-cheftræner Gary Kubiak, der på nogle måder gav Johnson ret i, at NFL-officials bør revidere reglerne for "chop"-blokeringer, kaldte også Johnsons reaktion over en faldet spiller for "utilgivelig".
Mens mange fans og sportsskribenter opfordrede Green til at trække sig tilbage, var Green tilbage på holdet til træning, om end i gadeidræt, fredag efter skaden efter at være vendt tilbage fra Kansas City, hvor han blev vurderet af det samme lægehold, der stillede diagnosen i 2006. Træner Cam Cameron havde oprindeligt givet udtryk for, at han havde planer om, at Green skulle vende tilbage til spillet inden udgangen af 2007-sæsonen. Den 20. oktober 2007 meddelte Dolphins imidlertid, at Green ville blive sat på skadestuen og gjorde Cleo Lemon til deres startende quarterback. Efter sæsonen blev Green en af ni spillere, der blev fyret af Dolphins den 11. februar 2008.
Anden gang hos Rams
Den 10. marts 2008 indgik Green en treårig aftale til en værdi af ca. 9 millioner dollars med St. Louis Rams, hvilket var en genforening med det hold, han spillede for i 1999 og 2000. Den 23. september 2008 blev Green udnævnt til starter i uge 4 mod Buffalo Bills. Han afsluttede 17 ud af 32 afleveringer for 236 yards med en interception og en quarterback rating på 64,1. Den 9. november 2008 mod Jets tog Green over for Marc Bulger, efter at Bulger var blevet lukket ud af Jets i første halvleg. Rams fyrede Green den 25. februar 2009.
Pensionering
Green trak sig tilbage fra professionel fodbold den 12. juni 2009, da han ønskede at gøre karriere som tv-spiller. Greens agent, Jim Steiner, sagde: "Han havde en lang, blomstrende og meget succesfuld karriere. Han mener, at han stadig kan spille, men efterspørgslen er ikke særlig stor derude lige nu, og han er ikke typen, der vil sidde i fire eller fem måneder og vente på, at telefonen ringer."
