Tidlig karriere (1995-2000)
Fire måneder efter sin professionelle debut nåede Hunter anden runde af UK Championship i 1995 ved at besejre verdens nummer seks Alan McManus 9-4. Ved Welsh Open i 1996 nåede han frem til semifinalen, hvor han slog verdensmester Stephen Hendry i ottendedelsfinalen. Samme år nåede han kvartfinalen i UK Championship, hvor han slog Willie Thorne 9-0, James Wattana 9-5 og Terry Murphy 9-7, inden han tabte 5-9 til Hendry, som vandt turneringen. Hunter spillede i 1997 ved Masters, hvor han tabte 1-5 mod Mark Williams i første runde.
Hunter vandt sin første ranglistestævne ved Welsh Open i 1998. Han besejrede Paul Wykes 5-3, Neal Foulds 5-2, Steve Davis 5-3, Nigel Bond 5-4, Alan McManus 5-3 og Peter Ebdon 6-1, før han i finalen besejrede John Higgins 9-5. I finalen var Hunter bagud 2-4, men vandt syv frames ud af de næste otte for at vinde kampen. Efter turneringen nåede han semifinalen i 1998 UK Championship. I slutningen af året blev han udnævnt af Snooker Writers Association til "årets unge spiller".
Hunter kvalificerede sig første gang til at spille World Snooker Championship i 1999, hvor han tabte 8-10 i første runde til vinderen Stephen Hendry. Han sluttede sæsonen på 12. pladsen på verdensranglisten 1999-2000, hvilket resulterede i automatisk kvalifikation til slutspillet i ranglisteturneringer for første gang.
Han nåede kvartfinalen i seks turneringer i den følgende sæson. Han blev nummer to i Welsh Open 2001, semifinalist i British Open og Scottish Open samt kvartfinalist i Grand Prix og China Open.
Masters-mester (2001-2004)
Ved Masters 2001 slog Hunter Matthew Stevens med 6-5 i første runde, Peter Ebdon med 6-3 i kvartfinalen og Stephen Hendry med 6-4 i semifinalen. I finalen mødte Hunter Fergal O'Brien. Han var bagud 3-7, men vandt syv ud af de næste ni frames og vandt 10-9. Efter sejren kommenterede Hunter, at han og hans kæreste havde haft sex mellem sessionerne, da han tabte 2-6, og at det havde fået ham til at spille bedre.
Ved det følgende års arrangement vandt han også. Han slog Stephen Lee med 6-3 i første runde, Peter Ebdon med 6-5 i kvartfinalen og Alan McManus med 6-5 i semifinalen, hvor han mødte Mark Williams i finalen. Hunter tabte alle de første fem frames, men vandt kampen 10-9. Hunter var kun den tredje spiller til at bevare Masters sammen med Cliff Thorburn og Stephen Hendry. Hunter vandt også sin anden ranglistestævne, idet han vandt Welsh Open 2002, hvor han slog Ken Doherty 9-2 i finalen, men blev besejret 9-10 i første runde af VM 2002 af Quinten Hann. Senere i 2002 vandt Hunter sin tredje ranglistestævne, British Open, hvor han besejrede Ian McCulloch 9-4 i finalen. Som forsvarende Masters-mester nåede Hunter frem til semifinalen i 2003, men tabte 3-6 til Mark Williams.
I World Snooker Championship 2003 besejrede han Allister Carter 10-5, Matthew Stevens 13-6 og Peter Ebdon 13-12 for at nå semifinalen. I sin semifinale i bedst-af-33-rammer førte Hunter 15-9 over Ken Doherty, men han kunne kun vinde en af de næste ni frames og tabte kampen 16-17. Kampen blev senere vist som en "Crucible classic" på BBC under de oprindelige datoer for World Snooker Championship 2020, da begivenheden blev udsat. På trods af tabet opnåede han for første gang i sin karriere en plads i verdens top otte på verdensranglisten 2003-2004, efter at have været nummer ni i de to foregående sæsoner.
I 2003-04 vandt Hunter Masters 2004 for tredje gang på fire år. Hunter var bagud mod Ronnie O'Sullivan i kampen 1-6, 2-7, 6-8 og 7-9, inden han vandt de sidste tre frames og vandt. Han lavede fem century breaks i kampen. Hunter nåede også finalen i Players Championship, men tabte 7-9 mod Jimmy White. Ved Premier League Snooker turneringen i 2004 lavede han sit højeste break i karrieren, et 146 break i et 3-5 nederlag til Marco Fu. Han nåede anden runde af World Snooker Championship 2004, hvor han tabte 12-13 mod Matthew Stevens, på trods af at han førte både 10-6 og 12-10.
Hunter indledte sæsonen 2004-05 med at nå semifinalen i Grand Prix, hvor han tabte 3-6 til Ronnie O'Sullivan. Derefter nåede han kvartfinalen i China Open 2005, kun få dage efter at han havde opdaget, at han led af kræft. Hans højeste placering i karrieren var som nummer fire i verden i sæsonen 2004-2005, som faldt til nummer fem i den følgende sæson.
Senere år og sygdom (2005-2006)
Den 6. april 2005 meddelte Hunter, at han var ramt af kræft. Hunter vendte tilbage til snooker i starten af sæsonen 2005-06, men tabte til Rory McLeod i første runde af Grand Prix'et. Hunters næste kamp i sæsonen var ved UK Championship mod Jamie Burnett, hvor Hunter var bagud 6-8, men vandt kampen 9-8. På trods af dette tabte Hunter i næste runde 2-9 mod den senere mester Ding Junhui. Han tabte i første runde af VM i 2006 5-10 til Neil Robertson, hans sidste kamp nogensinde.
Han røg fra en 5. plads til en 34. plads på ranglisten i 2006/2007. Hunter indrømmede, at han var dårligere end året før, og bekræftede, at han havde haft vedvarende smerter. Den 27. juli 2006 bekræftede WPBSA, at reglerne efter en afstemning blandt medlemmerne ville blive ændret, således at Hunter kunne sidde hele sæsonen 2006-2007 over med en fastlåst verdensrangliste på 34. Han havde til hensigt at bruge året på behandling af sin kræftsygdom.
